1培地製造
栽培するきのこに合わせて菌床の原材料（おが粉や水、栄養体など）を用意。ミキサーへ投入し、十分に混ぜ合わせて培地を作ります。
2充填
培地をきのこ専用の栽培袋に詰め込みます。栽培袋は主に円柱型と角型があり、充填する培地の量は1～3kgが一般的です。
3殺菌
袋詰めした培地を専用の殺菌釜で殺菌します。雑菌を培地から除去することで、きのこの菌が正常に生育できる環境を整えます。
4接種
無菌状態のクリーンルームできのこの種菌を培地に植えます。最も雑菌の混入リスクが高い工程なので、衛生管理の徹底が重要となります。
5培養
温度や湿度を適切に管理した施設で培養します。培地に菌をまん延させ、きのこが発生できる状態まで熟成させます（しいたけは3～4カ月）。
6発生
培養完了後、袋をはがすなどの発生操作を加えると、きのこが発生します。培養工程同様、施設内の環境管理を適切に行うことが大切です。
7収穫
収穫適期（しいたけは発芽から7～10日）を迎えたらきのこを採取します。しいたけやあらげきくらげは数回にわたり収穫が可能です。
8加工・出荷
収穫したきのこを選別し、取引先に応じた規格や包装・加工形態で出荷します。食品加工から流通・販売まで自ら手掛ける事例もあります。
